(1) 所列之技術專利權、專門技術、技術合作或委託項目及對象、應經審查認定，並與計畫書所列相符。
(2) 項目或對象之變更應經核准。
(3) 無形資產之引進、委託研究費之列支，應與原始憑證相符，並應依公司授權規定經專案計畫主持人核准。
(4) 無形資產之引進、委託研究費支付，採透過第三人或以債權債務互抵方式者不予認定。但申請專案計畫廠商進行臨床試驗研究者，其與委託單位簽訂契約之內容中，得明訂經費支付方式，例如：執行專案計畫廠商直接支付轉委託單位之研究費用僅包含「主持醫師費」、「臨床護士費用」，另「受試者相關費用」則由廠商直接支付受測病人等。
(5) 無形資產之引進、委託研究費結案年度所編列之款項，最遲應於計畫執行期間結束後3個月內完成付款，並於結案前舉證該款項已確實支付。以匯款方式支付，匯款日期預計在會計年度結束後，或以票據支付而票據到期款日期，若將在該期限之後，應事前辦理預算保留，且應於核定保留期限內支付完畢。
(6) 廠商與合作對象簽訂之合約執行期間，應在計畫管理單位合約有效期間內。超過計畫核定之起迄期間者，應核減超出期間之相關費用。
(7) 費用報支應提供技術引進或委託合約書、統一發票（或收據）、或國外之INVOICE(或RECEIPT)及匯兌水單、付款支票影本及銀行對帳單等相關憑證。
(8) 可辦理全額或依比例扣抵之營業稅進項稅額不得報支為專案計畫費用。

無形資產之引進與委託研究費取得憑證及付款的對象，應與計畫書所核定的對象一致，因此若公司實際上取得之憑證及付款對象，均為該國內廠商或機構，計畫書編列的對象即應為該國內廠商或機構，不一致應事前辦理預算變更。

為維持專案帳務之完整性，除臨床實驗得明訂經費支付方式，其他無形資產之引進、委託研究費應直接付款給計畫書所列對象，並且取得支付證明，不可透過關係企業或其他廠商支付，亦不可採取債權債務互抵的方式處理。

補助範圍不含捐贈支出，捐贈收據不得列報為專案之費用。

有關無形資產之引進及委託研究費規定，應於計畫結束後3個月內完成付款，並於結案前舉證該款項已確實支付，係考慮最後1期尾款之付款往往因涉及驗收而延後所增設之規定。依據「計畫管理作業手冊」第貳章，專戶撥款作業原則第3點之規定，各年度之無形資產之引進及委託研究費用如未支用，或最後1期尾款因涉及驗收而延後付款，致憑證開立與支付日期不在計畫期間者，執行單位應於各該年度10月31日前或契約屆滿前30天(且不逾同年度10月31日)前，去函專案辦公室敘明經費保留理由及保留期限，辦理保留作業。若經核准保留，執行單位應於支付後繳交更新工作報告，以反映經費動支情形，並舉證該款項確實已支付，始得核銷。因此，僅有結案年度之無形資產之引進及委託研究費，可於計畫結束後3個月內完成付款（完成匯款或支票兌現），並於結案前舉證該款項已確實支付適用。其餘年度應依規定於年度期限或保留期限內完成付款。

無形資產之引進、委託研究之尾款付款期限，放寬為計畫結束後3個月內完成付款，係因考慮廠商結案作業實際需要及帳務查核期限，但費用之年度歸屬係以取得發票或收據之日期為依據，因此付款期限雖放寬為3個月內，但發票或收據之日期仍應在專案計畫該年度所訂結束期限內。

公司與某研究單位簽訂技術及專利授權合約，合約之有效期限10年，合約有效期限內公司得使用或實施該專利及技術，以製造、組裝或販賣利用該研發成果之ㄧ部或全部所製造出來之產品。合約之生效日期為103年7月1日，合約總價(未稅金額)1,000萬元，依據契約書應於103年12月底前將總價款一次支付。公司亦於103年12月支付該款項。專案計畫之執行期間為103年7-12月，則專案計畫可認列費用為50萬元[(1,000萬元/10年)*6個月/12個月=50萬元]。950萬元屬於非計畫期間所應分攤之費用應扣除。

除應能提供測試報告或驗證報告，其他規定與無形資產之引進、委託研究費相同。

原則上雙方應提供合約，但若驗證單位有對外公開之單位牌告價目表可免簽約，改提供該單位牌告價目表(該價目表需有印明該牌告價之有效期限，或書明該牌告價之有效期限經該單位蓋章)。若金額總價較低，雙方確實未簽約者，請提供經雙方簽字確認之報價單。(請注意無形資產之引進、委託研究、委託研究-計畫管理費一定要提供合約書)

國內差旅費報支限為專案創新或研究發展人員，因無形資產引進、委託研究、驗證所發生之差旅費。因此專案計畫之顧問、專家、行政或管理人員所發生之差旅費不得報支。