公司所領取的補助款應列入「其他收入」並課徵營利事業所得稅。

依據財政部91.6.26台財稅第0910453835號函，民營事業依據行政院核定之「促進企業開發產業技術辦法」向政府請領研發補助款，如其研究成果全部歸受補助者所有，則該項補助款尚非屬因銷售勞務而取得，不屬於營業稅課稅範圍，可免開立統一發票；至其研究成果如約定歸補助單位所有或雙方共同擁有者，則該項補助款核屬銷售勞務而取得之代價，仍應依規定開立統一發票並報繳營業稅，前經財政部88.3.16台財稅第881905078號函覆在案。依據該函覆所示，如係多家公司共同執行研發計畫，其研究成果如由共同執行公司擁有，則受補助之共同執行公司所領取之補助款，則非屬營業稅課稅範圍，可免開立統一發票。

依據「計畫管理作業手冊」規範，補助款係先撥入主導廠商再由其轉撥，在帳務上屬於代收代付，依據財政部95.6.29台財稅字第09500189620號函，補助計畫聯合申請案主導企業取得之補助款，如屬代收代付性質者，於轉付其他共同申請企業時免予扣繳，惟應轉開免扣繳憑單。

依據財政部95.6.29台財稅字第09500189620號函，受補助企業繳回剩餘補助款時，原撥付或代為撥付款項單位尚無更正原已摯發之免扣繳憑單金額問題。

若專戶產生利息收入100元，銀行代扣稅款10元，公司將100元利息收入繳還計畫管理單位，會計分錄如下。
（1） 產生利息收入100元，銀行代扣稅款10元
借：銀行存款 90
預付稅款 10
貸：利息收入 100
借：利息費用 100
貸：應付費用 100
（2） 公司開立100元支票將利息收入繳還計畫管理單位
借：應付費用 100
貸：應付票據 100
（3） 假設公司當年度結算後無所得，預付稅款10元可申請退回
借：應收退稅款 10
貸：預付稅款 10
（銀行所代扣的稅款於年底時會開立扣繳憑單給公司）

依據財政部台北區支付處101.12.11台支二字第10121548230號函「受款人收受以存帳方式支付之款項，非屬收受支票，尚無97.9.18台稅二發字第09704094750號函有關免貼用印花稅票規定之適用。惟如受款人未書立收據而僅出具款項入戶之證明，則非屬銀錢收據之性質，可免貼用印花稅票。

─參與本計畫工時統計表
─創新或研發人員之人事費明細表（含一般創新或研發人員及新聘碩士（含）學歷以上之研發人員）
─顧問、專家費明細表
─消耗性器材及原材料費明細表
─創新或研究發展設備之使用費明細表（含頻寬費）
─創新或研究發展設備之維護費明細表
─無形資產之引進、委託研究、驗證費明細表
─差旅費明細表
─專利申請費明細表
─經費彙總表及補助款、自籌款分攤計算表
─消耗性器材或原材料實際用量明細表及計畫預定用量比較表
─設備使用紀錄表（參考表）
─工時卡（參考表）

(1) 經費預算是依會計年度計算，會計年度結束，次年即重新起計，因此經費彙總表及補助款、自籌款分攤計算表中所指年度變更後預算數係指該會計年度之各科目變更後之預算數，而非全程預算數；如果當年度預算未辦理變更則為其原預算數。
(2) 該表中本期實支數應包含期初累計數、當月數及期末累計數等3項，每年度第1個月之期初數為0，第2個月起之期初累計數為上月之期末累計數，會計年度結束，次年之期初數即從零起計，當月數會自公司所編之月報數直接載入相關欄位。期末累計數為期初數加上當月數，設有自動計算公式。
(3) 期末累計實支數分配、期初累計實支數分配、本月實支數分配等3項，其中期末累計實支數分配是以期末累計實支數依該會計年度之各該科目變更後預算數補助款與自籌款比例計算，但補助款的分攤數是以變更後補助款預算數為上限，超出變更後補助款預算數的部份會自動轉列自籌款負擔。
(4) 期初累計實支數分配數為上個月之期末累計實支數分配數。每年度第1個月之期初數補助款及自籌款均為0，第2個月起之期初累計實支數分配數為上個月之期末累計實支數分配數。期末累計實支數分配減期初累計實支數分配等於本月實支數分配，本月實支數分配之金額即為應填入工作報告之金額。其中期末累計實支數分配數與本月實支數分配數設有自動計算公式。

專案計畫的會計年度不一定從1月開始，例如有的計畫第1年度從100年12月至101年6月，第2年度從101年7月至101年12月。會計年度的劃分可從執行單位與計畫管理單位所簽訂之補助款契約書第4條所訂各年度的起訖點判別，各年度各科目之補助款與自籌款預算則可從計畫書之年度經費使用分配表得知。

每個月經費彙總表及補助款、自籌款分攤計算表所結算出之本月實支數分配數即為應填入工作報告中各月經費累計表中補助與自籌款之金額。