依據「計畫管理作業手冊」規範，補助款係先撥入主導廠商再由其轉撥，在帳務上屬於代收代付，依據財政部95.6.29台財稅字第09500189620號函，補助計畫聯合申請案主導企業取得之補助款，如屬代收代付性質者，於轉付其他共同申請企業時免予扣繳，惟應轉開免扣繳憑單。

依據財政部95.6.29台財稅字第09500189620號函，受補助企業繳回剩餘補助款時，原撥付或代為撥付款項單位尚無更正原已摯發之免扣繳憑單金額問題。

若專戶產生利息收入100元，銀行代扣稅款10元，公司將100元利息收入繳還計畫管理單位，會計分錄如下。
(1) 產生利息收入100元，銀行代扣稅款10元
借：銀行存款 90
預付稅款 10
貸：利息收入 100
借：利息費用 100
貸：應付費用 100
(2) 公司開立100元支票將利息收入繳還計畫管理單位
借：應付費用 100
貸：應付票據 100
(3) 假設公司當年度結算後無所得，預付稅款10元可申請退回
借：應收退稅款 10
貸：預付稅款 10
(銀行所代扣的稅款於年底時會開立扣繳憑單給公司)

本專案計畫依據補助契約有關權利歸屬之約定，「執行本計畫所取得之知識、技術及智慧財產權等各種研發成果，歸執行廠商所有」，非一方為他方完成一定工作之契據，應非屬承攬契據之課稅範圍，係屬約定廠商申請補助經費所應具備之條件，依據財政部88.01.30台財稅第881898101號函釋，契約如為申請補助應具條件而非約定提供勞務收取報酬者，免貼印花稅票。

依據財政部台北區支付處101.12.11台支二字第10121548230號函「受款人收受以存帳方式支付之款項，非屬收受支票，尚無97.9.18台稅二發字第09704094750號函有關免貼用印花稅票規定之適用。惟如受款人未書立收據而僅出具款項入戶之證明，則非屬銀錢收據之性質，可免貼用印花稅票。

─參與本計畫工時統計表
─創新或研發人員之人事費明細表(含一般創新或研發人員及新聘碩士(含)學歷以上之研發人員)
─顧問、專家費明細表
─消耗性器材及原材料費明細表
─創新或研究發展設備之使用費明細表
─創新或研究發展設備之維護費明細表
─無形資產之引進、委託研究、驗證費明細表
─差旅費明細表
─經費彙總表及補助款、自籌款分攤計算表
─消耗性器材或原材料實際用量明細表及計畫預定用量比較表
─設備使用紀錄表(參考表)
─工時卡(參考表)

(1) 經費預算是依會計年度計算，會計年度結束，次年即重新起計，因此經費彙總表及補助款、自籌款分攤計算表中所指年度變更後預算數係指該會計年度之各科目變更後之預算數，而非全程預算數；如果當年度預算未辦理變更則為其原預算數。
(2) 該表中本期實支數應包含期初累計數、當月數及期末累計數等3項，每年度第1個月之期初數為0，第2個月起之期初累計數為上月之期末累計數，會計年度結束，次年之期初數即從零起計，當月數會自公司所編之月報數直接載入相關欄位。期末累計數為期初數加上當月數，設有自動計算公式。
(3) 期末累計實支數分配、期初累計實支數分配、本月實支數分配等3項，其中期末累計實支數分配是以期末累計實支數依該會計年度之各該科目變更後預算數補助款與自籌款比例計算，但補助款的分攤數是以變更後補助款預算數為上限，超出變更後補助款預算數的部份會自動轉列自籌款負擔。
(4) 期初累計實支數分配數為上個月之期末累計實支數分配數。每年度第1個月之期初數補助款及自籌款均為0，第2個月起之期初累計實支數分配數為上個月之期末累計實支數分配數。期末累計實支數分配減期初累計實支數分配等於本月實支數分配，本月實支數分配之金額即為應填入工作報告之金額。其中期末累計實支數分配數與本月實支數分配數設有自動計算公式。

專案計畫的會計年度不一定從1月開始，例如有的計畫第1年度從100年12月至101年6月，第2年度從101年7月至101年12月。會計年度的劃分可從執行單位與計畫管理單位所簽訂之補助款契約書第4條所訂各年度的起訖點判別，各年度各科目之補助款與自籌款預算則可從計畫書之年度經費使用分配表得知。

每個月經費彙總表及補助款、自籌款分攤計算表所結算出之本月實支數分配數即為應填入工作報告中各月經費累計表中補助與自籌款之金額。

若發生錯誤與發現錯誤之月份，係屬同一會計年度，且該錯誤尚未經帳務查核予以核減，而係自行發現已完成的會計月報有溢報費用之情事，可於編製最近一期會計月報(需與發生錯誤同一會計年度)該會計科目月報表內以減項減列所溢報之費用，並註明係哪一月份哪筆費用多計，即可達成更正之目的，不需重編已完成之會計月報，亦不需更正已經送交計畫管理單位之工作報告及經費運用情形表。假設問題所述之2月、4月、5月、8月均屬計畫之同一會計年度，若於4月發現2月溢報訓練費，可於編製3月訓練費月報表時，列一筆減項減列2月多計之費用，若於8月編製7月會計月報時始發現該錯誤，可列為7月訓練費之減項，以更正該錯誤即可。